کودهای آلی در حالت عادی علاوه بر مواد مغذی برای گیاه دارای علفهای هرز ، اسپور بیماریهای باکتریایی ، لارو و تخم حشرات نیز می باشند.
به علاوه آنچه در کود آلی برای گیاه قابل جذب هست در اولین آب معمولا در اختیار گیاه قرار می گیرد و ما بابقی مواد آلی بایستی ابتدا توسط میکروارگانیسمها تبدیل به ماده معدنی یونی قابل جذب برای گیاه شوند و سپس گیاه قادر هست از آنها استفاده کند 

طبق تحقیقاتی مشخص شده است که گاها در یک یک تن کود گاوی بیش از ۸۰ هزار بذر علف هرز وجود دارد حال در نظر بگیرید که با دادن یک تن کود گاوی نپوسیده به خاک چه مقدار بذر علف به خاک اضافه کرده ایم! و اگر فقط ۱% این بذرها سبز شوند خود تبدیل به یک مشکل خواهند شد..

یکی از راه کارهای ساده برای خلاص شدن از شر بذر علفهای هرز و تخم حشرات موجود در کودهای دامی دپو کردن آنهاست در این حالت با گذشت زمان و نور آفتاب و عوامل دیگر مقداری از این مشکلات مرتفع می شود اما راهکار دپو کردن راهکاری منسوخ شده است…

با توجه به موارد فوق بهترین راه برای دادن کودهای دامی و آلی به خاک پوساندن یا به اصطلاح علمی تر کمپوست کردن آنهاست 

از راه های کمپوست کردن می توان به روش های هوازی بی هوازی و استفاده از کرمهای خاکی اشاره کرد ..

یکی دیگر از بهترین راه های کمپوست سازی استفاده از میکروارگانیسمهای موثر است که به نام علمی 
 Effective Microorganisms  یا همان "EM" شناخته می شوند 
کمپوست کردن کودهای الی به وسیله میکروارگانیسمهای موثر باعث می شود کودی عاری از علف هرز تخم حشرات و بیماری ها داشته باشیم همچنین هزینه آن از روشهایی مانند ورمی کمپوست بسیار پایینتر است و برای اکثریت کشاورزان به سادگی قابلیت اجرا دارد…

یکی دیگر از دلایل مهم کمپوست کردن کودهای آلی دامی جلوگیری از هدر رفت نیتروژن (ازت) هست قسمت زیادی از ازت مجود در کودهای دامی به صورت گاز از آن خارج می شود اما با کمپوست کردن جلوی این امر گرفته می شود.