واکنش آلرژیک: دستکاری ژنتیکی باعث ایجاد پروتئین هایی در گیاه یا جانور جدید می شود که ممکن است برای بدن انسان به عنوان عامل بیگانه شناسایی شده و منجر به ایجاد واکنش آلرژیک شود.
نامناسب برای محیط زیست: بقایای این جانداران برای محیط زیست نامناسب است و تا مدت ها به صورت مخفی در طبیعت باقی می ماند.
کاهش تنوع زیستی: تغییرات ژنتیکی باعث آسیب به برخی ارگانیسم ها (مانند آفات و حشرات) در اکوسیستم می شود و از تنوع زیستی آن ها می کاهد.
کاهش کارایی آنتی بیوتیک ها: به دلیل تغییرات ژنتیکی، این محصولات به ویروس ها و باکتری ها مقاوم می شوند؛ خاصیت آنتی بیوتیکی خود را در بدن اعمال می کنند و از کارایی آنتی بیوتیک های دارویی می کاهند.
طعم غیر متداول: به دلیل تغییر در ساختار این محصولات، طعم متفاوتی خواهند داشت.
نامناسب از جهت تغذیه ای برای انسان ها: این محصولات باعث ایجاد بیماری های جدید در انسان می شوند و در بسیاری از گونه های حیوانات مانند موش ها و پروانه ها باعث مرگ شده اند.
سلاح بیولوژیک: بسیاری از کشورها از این محصولات به عنوان سلاح بیولوژیک برعلیه دشمنان خود استفاده می کنند