یکی دیگر از سمتهای مصطفی میرسلیم از ۱۳۶۱ تا ۱۳۶۸ سرپرستی نهاد ریاست جمهوری و مشاور عالی رئیس جمهور در دوران  آیت‌الله خامنه‌ای بود.

وی به‌واسطه مسئولیتش در نهاد ریاست‌جمهوری همراه با آیت‌الله خامنه‌ای در اجلاس سران عدم تعهد در هراره پایتخت زیمبابوه شرکت کرد. هشتمین اجلاس سران جنبش عدم تعهد، دهم تا پانزدهم شهریورماه ۱۳۶۵ در شهر هراره برگزار شد و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با سفر به این کشور، علاوه بر حضور و سخنرانی در اجلاس مذکور، دیدارهای دوجانبه‌ای با برخی سران کشورهای عضو این جنبش برگزار کرده و به رایزنی درباره‌ی بهبود روابط کشورهای عضو و مسائل مهم جهان پرداختند.

در صفحه ۶۷ از کتاب «از هراره تا تهران؛ روایتی از دو دوره حضور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در اجلاس سران جنبش عدم تعهد» خاطره جالبی از ورزش کردن اعضای گروه همراه رئیس جمهور وقت ذکر شده است:
"تازه آفتاب در حال طلوع است که آقای خامنه‌ای و همراهانشان به حیاط ویلا می‌آیند. آقای خامنه‌ای طبق عادت شروع می‌کنند به پیاده‌روی تند. بقیه هم همراه با مهندس میرسلیم نرمش می‌کنند. آقای میرسلیم خودش ورزشکار است و معمولاً در سفرها ورزش صبحگاهی را برقرار می‌کنند. بعد از نرمش، صبحانه می‌خورند تا برای روز دوم به سالن اجلاس بروند."